Алтайская противочумная станция является казенным учреждением, осуществляющим оказание государственных услуг и выполнение работ в целях обеспечения реализации полномочий Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзора), которая является учредителем станции.

Деятельность станции осуществляется на территории Республики Алтай. В соответствие с приказом Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека от 01.12.2017 г. №1116 «О совершенствовании системы мониторинга, лабораторной диагностики инфекционных и паразитарных болезней и индикации ПБА в Российской Федерации» на базе станции функционирует Центр индикации возбудителей инфекционных болезней I-II групп патогенности и обеспечения противоэпидемической готовности.